棉花为常异花授粉作物，异交率2%~15%，特殊条件下可达50%。种植转Bt基因抗虫棉后，由于田间用药次数大幅度减少，田间昆虫量明显增加，异交率也随之提高。Bt基因在棉花中表现为显性遗传，与非抗虫棉的杂交一代仍表现为抗虫，且生长势较强，自交后则分离出不抗虫的植株。采用传统的"三圃制"生产转Bt基因抗虫棉原种，每年不但需大量选单株，还必须对所有中选单株做Bt基因的纯合性鉴定，才能保证入选株行的抗虫纯度，既增加了工作量和成本，也增加了工作难度。采用自交混繁法生产转Bt基因抗虫棉原种，不仅能有效地保持抗虫纯度与品种特性，还可以免去每年大量选单株与株行鉴定的繁重工作，提高原种生产效率。常规抗虫棉自交混繁法原种生产技术如下：
    一、建立保种圃
    保种圃的建立与保持是自交混繁法的核心，建立保种圃需要经过单株选择与株行鉴定共两年的准备时间，第三年才能建立保种圃。保种圃应选择地势平坦、地力中等以上且均匀、灌排方便、集中成片的田块。尤其要注意隔离，周围500m以内不能种植其他棉花品种，或选择天然屏障隔离区。保种圃周围最好安排基础种子田，便于观察比较。
    1、单株选择
    所用的基础材料应是育种者提供的基础种或原种，种植在地力均匀、同一前茬、排灌方便的地块中。适当降低密度，以2500株/亩为宜，不盖地膜，棉花生长期间定期观察：蕾期着重考查形态特征、抗病性和抗虫性，选择典型单株作标记；开花期在前一次选择的基础上进一步考查形态特征、抗病性、抗虫性和生长势等。每个当选单株中下部果枝开花时连续自交15~20朵花，保证收5个以上正常吐絮的铃。吐絮期间对自交单株再进行一次田间复选，淘汰不合要求的单株，选择400个左右的优良自交单株，分株采摘自交铃，并分别装袋编号，注明铃数，晒干后室内考种，决选200个单株备用。
    2、株行鉴定
    将上年入选的各单株自交种子按顺序种成株行（不少于150行），每行30株左右。周围用同品种的原种作保护区。
    出苗后先疏苗（暂不定苗），在第一片真叶展开以后，配制4~5g/L浓度的卡那霉素液（硫酸卡那霉素），点涂新展开的真叶叶片，4天后逐苗观察，凡叶片处理部位的叶色与周围正常叶色相比由绿转黄，差异明显，且几天后不消失，可视为不抗虫的杂株。杂株苗拔除后再定苗。凡杂株率超过10%的株行立即淘汰。
    二代棉铃虫发生期间不用药防治，棉铃虫产卵高峰过去一周后，调查第一次淘汰后的剩余株行，顶尖被棉铃虫危害多，有虫蕾脱落多的株行要特别记载，一般情况下不宜作为当选株行。被害棉株应及时拔除。
    棉株生育期间，按照品种的典型性、一致性、丰产性和抗病性等进行鉴定。注意株行间的一致性和各株行的整齐度、长势与长相。发现病株、变异株、杂株、劣株，均应及时拔除，并作好标记与记录。
    盛花期以前，综合分析前期各方面的鉴定与观察结果，选择抗虫性稳定、形态典型、生长正常、整齐一致的株行作为初步当选株行，作好标记。开花盛期在每个当选株行中选株自交，每个株行自交30朵以上花（注意自交花朵不能过于集中，宜分散在株行中2/3左右的单株上）。吐絮以后对自交株及株行进行田间复选，然后按株行混收正常吐絮的自交铃，并标明行号及收花铃数，考种后决选100个以上的优良株行。
    3、保种圃建立
    以上年中选株行的自交铃的种子形成株系，按顺序分别相邻种植，根据基础种子与原种生产的计划规模，每株系种植一行或两行（30株或60株），周围用同品种的基础种或原种作保护区。生育期间继续进行上述的各项鉴定与考察，及时拔除对卡那霉素处理反应敏感的植株、顶尖被害与有虫花蕾多的植株、变异株与劣株。盛花期在各株系内选择符合品种典型性的优株，在中部果枝内围果节选花自交30朵以上（同样注意自交花朵不能过于集中），吐絮后首先对自交单株复选，然后按株系混收中选株的自交铃，各株系自交铃分别装袋，注明袋号，轧花后各自交株系种子要分别保存，供下年保种圃播种。
    各株系自然开放授粉的棉铃，收花前也按株系分别随机采收50个棉铃供室内考种，考种后淘汰不良的株系。一般情况下，保种圃各自交株系要保持相对稳定。其余开放受粉的棉铃，全圃混收留种，称为核心种子，供下一年基础种子田种植。
    如果从育种单位直接引进自交株系，当年便可建成保种圃。保种圃一旦建成，就年年照此进行，保持稳定，直至品种被更换。
    二、基础种子与原种生产
    基础种子田最好安排在保种圃周围。为扩大基础种子繁殖量，尽量采用营养钵育苗移栽或精量播种的方法以节省种子。生育期间注意田间观察，了解个体的典型性和群体的整齐度，随时去杂去劣，拔除病株和不抗棉铃虫的植株。
    用基础种子播种，在隔离条件下集中种植在基础种子田周围，即为原种生产田。采用高产栽培措施，随时注意去杂去劣，拔除病株和不抗棉铃虫的植株。
    田间管理应注意以下技术要点：为保持和提高抗虫纯度，二、三代棉铃虫发生期间不用药防治，严格拔除不抗虫的植株。为使棉花正常生长发育，获得较高的产量，应及时防治棉蚜、棉叶螨、棉盲蝽等非靶标害虫，治虫时尽量选用专治性强、对棉铃虫兼治性差的农药。为了既有利于植株典型性的表现，又能防止棉花徒长，应适度从轻化调。等行距中密度种植，以3000株/亩左右为宜，有利于考察植株的典型性。